使用iDISCO+方法對(duì)小鼠腎臟進(jìn)行透明化處理，并使用蔡司Lightsheet 7成像物鏡5× / 0.16 foc和Clr 20× / 1.0 nd = 1.53（浸入）在肉桂酸乙酯中進(jìn)行成像。使用DyLight 594耦合番茄凝集素灌注小鼠，從而標(biāo)記血管和腎小球（紅色）。綠色：組織結(jié)構(gòu)的自發(fā)熒光。三維全器官成像和腎小球尺寸和數(shù)量的圖像分析，有助于更好地了解各種腎臟疾病的機(jī)制，例如糖尿病性腎病。該圖像在ACQUIFER HIVE上使用arivis Vision4D?處理。

? ? ? ? 樣品由丹麥Gubra公司的U. Roostalu提供。

P10小鼠氣管的三維數(shù)據(jù)集顯示了力敏感神經(jīng)纖維的解剖結(jié)構(gòu)。染色：DAPI,IV型膠原蛋白（Alexa 488 抗體），感官纖維（表達(dá)tdTomato的報(bào)告菌株，Alexa 555抗體），神經(jīng)纖絲蛋白NF200（有髓鞘的神經(jīng)纖維，Alexa 647抗體）。

用PEGASOS（Jing et al:, 2018, Cell Research）對(duì)樣品進(jìn)行透明化處理，在折射率為1.54的BB-PEG中，分別使用成像物鏡5× / 0.16 foc和Cl r 20× / 1.0 nd = 1.53進(jìn)行成像。5x物鏡數(shù)據(jù)集：像素尺寸0.61 × 0.61 × 1.63微米，3×3拼圖，放大1.5倍，1230個(gè)z截面，體積2.57 × 2.58 × 2 mm。20x物鏡數(shù)據(jù)集：像素尺寸0.23 × 0.23 × 0.58微米，1×5拼圖，放大1.0倍，4206個(gè)z截面，體積2.0 × 0.45 × 1.82 mm。

蠑螈目動(dòng)物具有奇異的四肢和脊髓再生能力。借助分子遺傳學(xué)工具，可以識(shí)別促成這種復(fù)雜再生的干細(xì)胞，以及激發(fā)細(xì)胞增殖的創(chuàng)傷應(yīng)激信號(hào)。此蠑螈的前臂已在肉桂酸乙酯中進(jìn)行了透明化處理（Masselink, W. et al. Development 146, (2019)），并使用成像物鏡5× / 0.16 foc以1.57的折射率進(jìn)行成像。使用ZEN成像軟件和arivis Vision4D?軟件在ACQUIFER HIVE數(shù)據(jù)平臺(tái)上對(duì)多拼圖數(shù)據(jù)集進(jìn)行校準(zhǔn)、融合和渲染。

樣品由分子病理學(xué)研究院(IMP)田中實(shí)驗(yàn)室的W. Masselink提供。

圖片由奧地利維也納IMP BioOptics公司的P. Pasierbek和K. Aumayr提供。

樣品由奧地利維也納分子生物技術(shù)研究所的. Reumann和J. Knoblich提供。

人腦中的神經(jīng)元非常精密復(fù)雜，而且它們遍布于整個(gè)腦器官中，因此對(duì)人腦中的所有細(xì)胞進(jìn)行成像是一項(xiàng)幾乎不可能完成的任務(wù)。類器官可以在一定程度上再現(xiàn)人腦，包括從神經(jīng)元干細(xì)胞培養(yǎng)中產(chǎn)生神經(jīng)元。借助于ECi進(jìn)行透明化處理，可以從局部到整體研究神經(jīng)元形態(tài)學(xué)，為三維神經(jīng)元形態(tài)的研究開創(chuàng)了極具吸引力的可能性。

35日齡的神經(jīng)元類器官，使用GFP/ tdtomato（3% GFP和3% tdtomato）稀疏標(biāo)記，并使用Clr 20× / 1.0 nd = 1.53物鏡成像。

像素尺寸：222 × 222 × 567 nm。

圖像體積：1.66 × 0.66 × 1.6 mm。

對(duì)完整的淋巴器官進(jìn)行三維成像，可以分析并量化淋巴對(duì)病毒感染的免疫反應(yīng)。在采集之前，將T細(xì)胞轉(zhuǎn)移至野生型宿主小鼠體內(nèi)。使用Ce3D（Li et al. PNAS 163, 2017）對(duì)淋巴結(jié)進(jìn)行清潔、固定和透明化處理，然后使用5× / 0.16成像物鏡（體積2.5 × 2.5 × 1.6 mm）在1.49的折射率(ph 7)對(duì)其進(jìn)行成像。圖像顯示GFP標(biāo)記的初始CD8+ T細(xì)胞（黃色），B細(xì)胞濾泡用B220（青色）染色，血管網(wǎng)絡(luò)用CD31（洋紅色）染色。

樣品由澳大利亞亞帕克維爾區(qū)沃爾特及伊萊薩霍爾醫(yī)學(xué)研究院的Joanna Groom提供。

使用PBS和4% PFA灌注一只C57 BL6J小鼠。腦部通過灌注Cell-Tracker? CM-DiI染料進(jìn)行染色，這是一種用于標(biāo)記血管膜的脂類染料。使用iDISCO+方法對(duì)樣品進(jìn)行透明化處理，并以肉桂酸乙酯作為最終的折射率匹配溶液進(jìn)行平衡。然后，使用Fluar 2.5× / 0.12成像物鏡在Translucence介觀尺度成像倉中，以RI=1.565的肉桂酸乙酯中進(jìn)行成像。

右側(cè)插入的高分辨率圖像使用Clr Plan-Neofluar 20× / 1.0 Corr nd = 1.53采集。Image 圖像體積為13.1 × 13.1 × 6 mm，像素分辨率為1.83 × 1.83 × 6.77 μm。在大約40分鐘內(nèi)以4×4拼圖、866個(gè)z截面采集。數(shù)據(jù)量為93 GB。使用ZEN成像軟件和arivis Vision4D?在ACQUIFER HIVE數(shù)據(jù)平臺(tái)上處理數(shù)據(jù)。

使用CLARITY方法對(duì)PV-tdtomato鼠腦進(jìn)行透明化處理，并使用EasyIndex以1.46的折射率進(jìn)行最終成像。

tdtomato-小清蛋白受Parvalbumin-Cre 控制，表達(dá)在大腦的中間神經(jīng)元和小腦的浦肯野細(xì)胞中。腦部數(shù)據(jù)集使用5× / 0.16 foc成像物鏡在蔡司Lightsheet 7上獲取。圖像體積為11 × 20 × 8.8 mm，像素分辨率為0.91 × 0.91 × 5.35 μm（12028 × 22149 × 1621體素）。以6×10拼圖、1621個(gè)z截面采集。數(shù)據(jù)量為1.2 TB（拼接后為805 GB）。使用ZEN成像軟件和arivis Vision4D?在ACQUIFER HIVE數(shù)據(jù)平臺(tái)上處理數(shù)據(jù)。

樣品由美國劍橋市哈佛大學(xué)的E. Diel和D. Richardson提供。